En un encuentro fortuito con el Rector de la Universidad de Alcalá, D. Manuel Gala Muñoz, surge la posibilidad de asumir la Casa para sede de la Universidad de Alcalá en Sigüenza.

El 16 de diciembre de 1998, se firma la escritura de Compra-Venta, en el Rectorado. La Universidad se compromete a la recuperación de la Casa como Centro de Prácticas Docentes Universitarias, y la Fundación a colaborar para conseguir este objetivo.

Gracias a esta decisión se ha recuperado este patrimonio, que ha estado a punto de desaparecer, y ha sido el mayor soporte y aliciente para que el trabajo de esta Fundación, haya avanzado y justificado el motivo de su creación.  La actuación de la Fundación, como institución sin ánimo de lucro, fue desde el primer día, colaborar en la gestión, en nombre de la Universidad, para la ampliación de espacios, con la adquisición de otros inmuebles, que han completado todo el conjunto universitario, en el corazón de la Sigüenza medieval.

Los 900 m2 que en un principio comprendía la Casa del Doncel, se convirtieron en cerca de 3500 m2, que se han recuperado en la actualidad La recuperación y rehabilitación de la Casa del Doncel, para Sede de la Universidad de Alcalá, aumenta doblemente el valor de esta actuación, pues se han conseguido dos objetivos, siempre soñados en esta ciudad. Por un lado la recuperación de la Casa del Doncel, como patrimonio histórico, emblemático de la ciudad. Y por otro, la vuelta de la Universidad, añoranza constante de los seguntinos, desde su desaparición a mediados del siglo XIX.

La inauguración oficial fue el 5 de octubre de 2002. La Fundación Ciudad de Sigüenza, realizó un homenaje de reconocimiento y agradecimiento al Excmo. y Magfco Rector D. Manuel Gala Muñoz.